針對潔凈室的潔凈度要求，為保證潔凈度，使用大風量的空調通風系統對室內空氣進行多次的循環過濾，使室內空氣中所含的微粒數達到要求的數值：千級潔凈室大于0.5um的粒子數量小于1000粒/立方英尺，萬級潔凈室大于0.5um的粒子數量小于10000粒/立方英尺。對于千級潔凈室使用50次/小時的換氣次數，對于10K級潔凈室使用30次/小時的換氣次數。室內空氣在循環過程中經回風口通過中效過濾器，在空調箱中經過初效，中效過濾器，在送風口中通過過濾器；新風在新風入口通過初效過濾器后進入空調機回風箱與回風混合。這樣保證了對空氣中微粒的控制。氣流組織采用上送、下側回亂流潔凈室的組織形式，送風口裝在天花上與送風箱連接，采用散流板的形式，回風口裝在回風豎井下側口上。這樣的氣流組織使空氣達到了均勻的過濾凈化。

潔凈室的人員入口采用單人單吹的風淋室，人員在進入潔凈室之前先經過換鞋，換衣等程序，然后經過風淋室，進一步去除人員身上可能攜帶塵埃粒子，保證潔凈室內的空氣潔凈度。潔凈室物品經過連通潔凈室室內室外的傳遞窗進行傳遞。傳遞窗是由兩扇密門和一個艙體組成，傳遞過程中兩扇門不是同時開啟的，所以室內外室氣不會貫通，保證了室內的空氣潔凈度。傳遞窗內還設置了紫光燈，對所傳遞的物品上的細菌病毒也達到了一定的殺滅作用。

空調系統采用兩臺恒溫恒濕風冷的式柜機，室外機裝在樓頂，有效的利有空間。

空調風管采用鍍鋅版風管。因為鍍鋅版風管制作自由度較高，可以有效的利用夾層空間。

對于室內的維護結構均使用不產塵材料，壁板和天花均采用50mm厚彩鋼板結構，彩鋼板的縫隙均使用玻璃膠進行密封，防止室外空氣的滲透，保證室內的潔凈度。地面使用2mm厚環氧樹脂自流平地面，光滑，不會產生灰塵飛揚。

對于千級生物實驗室的生物三級要求，室內使用紫外燈滅菌。另外當空氣經過濾器以后，因為細菌和病毒在空氣中不是以單體形式存在，菌團或病毒群體的微粒直徑大概在1-5um等價直徑，經過DOP法測定過濾器穿透率都沒有超過0.01％，被過濾下來的細菌病毒也因為缺乏生存條件不可能在過濾器上存活或繁殖，對整個生物實驗室達到了有效的滅菌作用。整個潔凈室安排負壓-5Pa，使用專門排風機進行排風。因為實驗室排可能會使用到各種藥水，可能產生異味，回風口設計使用活性炭吸附過濾器，使空氣在空調系統循環過程中去除異味，保持空氣清新。